1、一个内部节点代表一个假想的祖先（ancestor）。这个祖先在历史中存在，但往往已经灭绝。为什么要加上“假想”，是因为我们没有确切的证据去证明这个祖先到底是什么。人类、倭黑猩猩、黑猩猩的汇集处代表这三者的共同祖先，由于这个节点距离这三个类群最近，所以把该节点称为这三个类群的最近共同祖先（MostRecentCommonAncestor,MRCA）。与祖先对应的词汇是后代（descendants）。

2、树的最末端称为叶节点（leaf），有时候也叫tip。

3、最基部为根节点（root）。有的树有，有的树没有。

4、包含多个叶节点的分支称为进化枝（clade）。

5、除了以上基础结构，有的系统发育树还包含以下内容：

6、首先来学习一下系统发育树的基本结构。故名思意，系统发育树具有与树类似的结构：

7、根节点代表所有类群的共同祖先。不是所有系统发育树都是有根的，没有根的系统发育树称为无根树。

8、进化树可以通过以下方法来看。

9、枝的长度用于衡量祖先和后代之间的远近。根据树的构建方法不同，枝的长度可以有不同含义。如果使用基于进化模型的方法（贝叶斯法/最大似然法），枝的长度代表碱基替换速率。如果使用基于距离的方法则代表的是距离。因为用于构树的性状、构树的方法对枝长影响很大，所以不同的树之间的距离往往无法直接比较。有些系统发育树的枝长会被忽略掉，此时枝的长度是没有意义的。

10、外群/外类群（outgroup）：目标类群之外的类群。如果我们的目标类群是人类和黑猩猩，那么可以选用大猩猩来作为外群。外群一般用于给系统发育树赋根，赋根之后我们才能从进化树上看出演化的先后顺序。

11、从根开始生长，每次分出两条枝（branch）。

12、枝生长到一定程度后，再次分枝的地方称为内节点（internalnode）

13、最后，要进行，进化树不仅可以用于展示不同物种间的进化关系，还可以用于预测和研究不同物种的进化历史和生态适应性等方面的问题。

14、常见问题

15、首先，要明确结论，进化树是一种用于展示生物物种进化关系的表。

16、演化时间：如果能够找到明确的历史记录或者化石证据，确切地知道某个已经灭绝的物种曾经存在的时间，就可以用于校正系统发育树的时间。经过校正的系统发育树有时候称为timetree。

17、以上是树的基本结构。如果只有这些结构，还不能称其为系统发育树，只能说是一个树状。只有当我们赋予该树状以生物学意义的时候，才能称为系统发育树：

18、一个叶节点代表一个生物类群（taxon），如人类。

19、支持度：内部节点有时候会有一个数字，称为支持度（supportvalue），用于代表该分支结构的可靠程度。值的大小在0%-100%之间。和枝长一样的是，支持度也有不同的计算方法，如普通的bootstrapvalue、Ultrafastbootstrap、后验概率等。值越大，说明越多证据支持该分支。

20、其次，要原因，进化树是基于分子数据或形态数据建立的，通过分析不同物种间遗传变异的差异，可以推断它们之间的进化关系，从而构建出进化树。

21、同时，进化树也是研究生命公共祖先和生命起源等问题的重要工具。